Özet

Amaç: Çalışmada, hastanede yatan hastalarda, dışkıda karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae (KDE) kolonizasyonunun belirlenmesinde klasik yöntemlerle kromojenik agarlı yöntemlerin karşılaştırılması; kolonizasyon ve kolonize olan hastalarda infeksiyon gelişimini etkileyen risk faktörlerinin belirlenmesi amaçlandı.

Yöntemler: Ocak – Ağustos 2017 tarihleri arasında bir üniversite hastanesinin Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi ve Travma Acil Yoğun Bakım Ünitesi’nde yatan 18 yaş üzerindeki 100 ardışık hasta incelendi. Hastalardan, ilki başvuru anında olmak üzere her hafta rektal sürüntü örneği alındı ve bu örnekler ABD Hastalık Kontrol ve Korunma Merkezleri (“Centers for Disease Control and Prevention – CDC”) tarafından tanımlanmış klasik yöntem, ChromID CARBA agarı ve direkt MacConkey agarına ekim yöntemleriyle çalışılarak KDE araştırıldı. Örneklerden izole edilmiş KDE suşlarında, modifiye Hodge ve CARBA NP testleri de yapıldı; ayrıca imipenem, meropenem, ertapenem ve kolistin için Etest yöntemiyle minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) değerleri de saptandı.  

Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 100 hastanın 46 (%46)’sında en az bir yöntemle rektal KDE taşıyıcılığı saptandı. Rektal KDE taşıyıcılığının belirlenmesinde kullanılan klasik CDC, direkt MacConkey ve ChromID CARBA yöntemlerinin 24. saatteki duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla %78-%42, %87-%80 ve %91-%98 olarak bulundu. Yöntemlerin 72. saatteki duyarlılık ve özgüllükleri ise sırasıyla %78-%100, %87-%100 ve %91-%100’dü. 

Sonuç: Rektal KDE taşıyıcılığının belirlenmesinde ChromID CARBA yönteminin performansı, klasik CDC ve direkt MacConkey yönteminden daha iyi olmakla birlikte, özellikle kaynak sorunu olan yerlerde direkt MacConkey yönteminin de kullanılabileceği tespit edildi. 

GİRİŞ

Son yıllarda ülkemizde gittikçe artan sıklıkta görülmekte olan karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae (KDE) infeksiyonları, daha çok komorbiditeleri olan ve yoğun sağlık bakımı uygulanan hastalarda ortaya çıkmaktadır. KDE’ler, ciddi infeksiyonlara neden olarak hem yüksek mortalite ve morbiditeye yol açmakta hem de hastanede yatış süresini uzatarak maliyetleri önemli ölçüde artırmaktadır (1). Gram-negatif çomaklarda karbapenem direnci şu mekanizmaların biri veya birkaçının birlikte olmasıyla ortaya çıkar: β-laktamaz (karbapenemaz) üretimi, belli dış membran proteinlerinin (porin) kaybı sonrası gelişen permeabilite azalması veya ilacın dış membrandan pompalanması (efluks). KDE suşları sadece β-laktamlara değil, diğer birçok antibiyotik sınıfına karşı da direnç gösterir (2). 

KDE infeksiyonlarının sağlık kuruluşlarında bulunan hastalar arasında bulaşmasında, ana kaynağın KDE ile kolonize hastalar olduğu bilinmektedir. Bu nedenle kolonize hastaların, özellikle rektal sürüntü yoluyla alınan tarama kültürleriyle belirlenerek uygun şekilde izole edilmesi infeksiyonların kontrolündeki en önemli basamaktır. Ancak tarama kültürlerinin ne şekilde yapılacağı konusunda halen bir görüş birliği oluşmamıştır (2). Çalışmanın amacı, hastanede yatan hastaların dışkısında KDE kolonizasyonunun belirlenmesinde klasik yöntemlerle kromojenik agar kullanılan yöntemlerin karşılaştırılmasıdır.

YÖNTEMLER

Hastaların Seçimi ve Verilerin Toplanması

Çalışmamız, Ocak ve Ağustos 2017 tarihleri arasında bir üniversite hastanesinde bulunan Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi (YBÜ) ve Acil Cerrahi YBÜ’de yürütüldü. Reanimasyon YBÜ’de 15 yatak, Acil Cerrahi YBÜ’de ise 10 yatak bulunmaktaydı. Çalışma tarihleri arasında, belirtilmiş YBÜ’lerde yatan ve 18 yaşından büyük olan ardışık 100 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların demografik, klinik ve laboratuvar bilgileri, kendileriyle konuşarak, dosyalarından ve hastanenin veritabanından elde edildi. Daha önceden geliştirilen bir forma; hastaların yaşı, cinsiyeti, yattığı YBÜ (acil cerrahi ya da reanimasyon), komorbiditeleri ve bundan yola çıkılarak Charlson komorbidite indeksi, YBÜ’ye yatmadan 3 ve 6 ay öncesine kadarki hastane yatışları ve antibiyotik kullanım öyküsü, YBÜ’ye yattığı gün başlanmış olan antibiyotikler ve almakta olduğu immünosüpresif tedaviler, yatışta başlanmış proton pompa inhibitörleri (PPI) ve  non-steroid antiinflamatuar ilaç (NSAID) kullanımı, yattığı günkü kan lökosit ve trombosit sayısı, hemoglobin, serum kreatinin, ALT ve albümin değerleri kaydedildi. 

Çalışmaya dahil edilen hastaların tümünden, başvuru anında ve başvurudan sonra YBÜ’de yattığı süre boyunca  birer hafta  arayla rektal sürüntü örneği alındı. KDE taşıyıcılığı belirlenen  hastalarda, KDE saptanan ilk rektal sürüntü; KDE taşıyıcısı olmayan hastalarda, YBÜ’den çıkmadan önceki son rektal sürüntü örneği değerlendirildi. Hastaların rektal sürüntüleri ve infeksiyon düşünüldüğü zaman alınmış diğer vücut örneklerinde (balgam, plevral sıvı, periton sıvısı, idrar vb.) KDE varlığı araştırıldı.

Hastaların yattığı iki YBÜ’de de yatan hasta, KDE ile kolonize hasta ve  dolu-boş yatak sayıları günlük olarak kaydedildi; bu verilerden YBÜ’lerde kolonizasyon basıncı yüzde olarak hesaplandı. Kolonizasyon basıncının hesaplanmasında aşağıdaki formül kullanıldı:

KOLONİZASYON BASINCI =YBÜ’de o gün yatmakta olan KDE-pozitif hastaların yattığı yatak sayısı / YBÜ’de hastaların yattığı toplam yatak sayısı X 100 

Çalışma prospektif kohort olarak planlandı ve İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulu’ndan 10 Haziran 2016 tarih ve 778 karar numarasıyla onay alındı. 

Rektal Sürüntü Örneklerinin Çalışılması

Gelen tüm rektal sürüntü örneklerinin 0.5 ml fizyolojik serum içinde süspansiyonları hazırlandı. Pipetle alınan 50 μl’lik 3 ayrı süspansiyon örneği, aşağıda belirtilen 3 ayrı yöntemle işleme alındı:

CDC Tarafından Önerilen Klasik Yöntemin Modifikasyonu (Klasik CDC): 5 ml triptik soya buyyonu (TSB) bulunan tüplere ekim yapıldı ve buyyon içine bir adet 10 μg ertapenem diski konuldu. 18-24 saat arasında 37 °C sıcaklığındaki etüvde inkübe edildi. TSB’de bulanıklık olup olmadığı 24. saatte kaydedildi; bulanıklık olan ve olmayan tüm örneklerin MacConkey agarına pasajları yapıldı. Bu örnekler de 18-24 saatlik bir süre boyunca inkübe edildi. MacConkey agarında üreyen ve laktoz-pozitif olan (pembe-kırmızı renk) koloniler varsa, bu bakterilere ileri idantifikasyon ve disk difüzyon yöntemiyle 48. saatte antibiyogram yapıldı (4).

Resim 1. PMacConkey agarına direkt olarak ekilip ertapenem (ETP) diski konulmuş örneklerden karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae (KDE) üremiş olanların ilk 24. saatteki görünümü (ETP diski çevresinde üremiş ve olası karbapeneme dirençli K. pneumoniae olarak değerlendirilmiş okla gösterilen koloniler, idantifikasyonla karbapeneme dirençli K. pneumoniae olarak tanımlanmıştır).

MacConkey Agarına Direkt Ekim Yöntemi (Direkt McConkey): MacConkey agarına direkt ekim yapılıp, besiyerinde ekim yapılan bölgeye 10 μg ertapenem diski yerleştirildi.  18-24 saat arasında 37 °C sıcaklığındaki etüvde inkübe edildi. Ertapenem diski içinde üreyen laktoz-pozitif koloniler varsa, bu bakterilere ileri idantifikasyon ve disk difüzyon yöntemiyle 24. saatte antibiyogram yapıldı (6, 7) (Resim 1).

Resim 2. ChromID CARBA agarına direkt olarak ekilmiş örneklerden karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae (KDE) üremiş olanların ilk 24. saatteki görünümü (Olası karbapeneme dirençli K. pneumoniae olarak değerlendirilmiş okla gösterilen yeşil-mavi renkli koloniler, idantifikasyonla karbapeneme dirençli K. pneumoniae olarak tanımlanmıştır).

Kromojenik Agara Direkt Inokülasyon Yöntemi (ChromID CARBA):  ChromID CARBA® (bioMérieux, Marcy l’Etoile, Fransa) agarına direkt ekim yapıldı. Ekilen örnekler 18-24 saat arası 37 °C sıcaklığındaki etüvde inkübe edildi. Besiyerindeki üremeler 24. saatte kontrol edildi. Yeşil-mavi renkli koloniler, olası karbapeneme dirençli Klebsiella pneumoniae; mor-kırmızı renkli koloniler olası karbapeneme dirençli Escherichia coli; renksiz koloniler ise olası karbapeneme dirençli Gram-negatif nonfermentatif çomak (Pseudomonas aeruginosa veya Acinetobacter baumannii) olarak değerlendirildi. Bu bakterilere ileri idantifikasyon ve disk difüzyon yöntemiyle antibiyogram yapıldı (Resim 2). 

Resim 3A ve 3B. Modifiye Hodge testinin uygulandığı karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae (KDE) suşlarının 24 saatlik inkübasyondan sonraki görünümü (Resim 3A’daki kırmızı halka bir suştaki pozitif sonucu göstermektedir. Resim 3B’de ise negatif sonuç vermiş üç suş görülmektedir).

Rektal sürüntü örneklerinden yukarıda anlatılmış yöntemlerle izole edilen Enterobacteriaceae suşlarının tümüne  modifiye Hodge testi (MHT) ve Kirby-Bauer yöntemiyle disk difüzyon duyarlılık testi yapıldı; sonuçlar EUCAST’in önerdiği sınır değerler kullanılarak değerlendirildi (5, 8). MHT, ertapeneme duyarlı olduğu bilinen E. coli ATCC 25922 referans suşu kullanılarak yapıldı. Referans suş 0.5 McFarland standardı bulanıklığında hazırlanıp Mueller-Hinton agarına inoküle edildi; sonrasında agara 10 μg ertapenem diski konularak test edilecek suşlar, diskin kenarından agarın bulunduğu Petri kabının kenarına doğru çizgi şeklinde ekildi.  En az 16 saatlik inkübasyondan sonra suşlar kontrol edildi. Referans ATCC 25922 suşunun, ertapenem diskinin merkezine doğru, yonca yaprağı şeklinde girinti yapmasına neden olan  suşlar karbapenemaz-pozitif olarak kabul edildi (Resim 3A ve 3B). Bu test yapılırken CDC’nin önerilerinden yararlanıldı (8).

Antibiyogramda amoksisilin/klavulanat, sefepim, seftriakson, piperasilin/tazobaktam, sefoksitin, seftazidim, meropenem, sefoperazon/sulbaktam, imipenem, fosfomisin, kolistin, nitrofurantoin, ofloksasin, norfloksasin, ertapenem, trimetoprim/sülfametoksazol, siprofloksasin, ampisilin/sulbaktam, sefuroksim, gentamisin, netilmisin, amikasin ve aztreonam diskleri kullanıldı. 

Rektal sürüntülerden izole edilmiş ve disk difüzyon testleriyle KDE olduğu belirlenmiş suşlarda, Etest® (bioMérieux, Marcy l’Etoile, Fransa) yöntemiyle imipenem, ertapenem, meropenem ve kolistin için minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) değerleri belirlendi.  

Bakterilerdeki metallo-β-laktamaz (MBL) varlığını göstermek için imipenem-EDTA Etest® (bioMérieux, Marcy l’Etoile, Fransa) de kullanıldı.  Üretici firmanın önerisi doğrultusunda imipenem / imipenem -EDTA MİK değerleri analiz edilerek, EDTA’lı kısımda MİK değerinin 8 veya daha fazla kat azalması MBL üreten bakteri izolatı olarak değerlendirildi (9).

Bakterilerdeki OXA-48 varlığına işaret ettiği için, izole edilmiş KDE suşlarında temosilin direnci olup olmadığı da araştırıldı. Bu amaçla temosilin Etest® (bioMérieux, Marcy l’Etoile, Fransa) kullanıldı; MİK değeri >32 μg/ml olarak belirlenen suşlarda, OXA-48 pozitifliği olabileceği düşünüldü.

Bakterilerin idantifikasyonunda klasik yöntemler [“Tripple Sugar Iron” (TSI) agarı, “Motility Indole Ornithine” (MIO) besiyeri, sitrat ve üre besiyerlerinin kullanımı gibi] ve API 20E® (bioMérieux, Marcy l’Etoile, Fransa) kiti kullanıldı. 

KDE olduğu belirlenen örneklere, üreticinin önerileri doğrultusunda CARBA-NP® (bioMérieux, Marcy l’Etoile, Fransa) testi de yapılarak karbapenemaz varlığı araştırıldı.   

İstatistiktiksel Analiz

Verilerin istatistiksel analizi, SPSS (“Statistical Package for the Social Sciences”) versiyon 23.0 programı (IBM Corp., Armonk, NY, ABD)  kullanılarak yapıldı. Grupların karşılaştırılmasında kategorik değişkenler için χ² ve Fisher kesin testi; sürekli değişkenler için dağılım normalse Student t testi, normal değilse Mann-Whitney U testi kullanıldı. Bağımsız risk faktörlerinin araştırılması için lojistik regresyon analizi yapıldı. P<0.05 değeri istatistiksel olarak anlamlı olarak kabul edildi. 

Yöntemlerin performansları değerlendirilirken, her üç yöntemden birinde pozitiflik belirlenen örneklerin kümülatif sonucu, “altın standart” olarak alındı. Çalışılan yöntemlerin duyarlılık ve özgüllük değerleri aşağıdaki formüllerle hesaplandı: 

DUYARLILIK = Söz Konusu Yöntemle Belirlenmiş Gerçek KDE Taşıyıcılarının Sayısı / Tüm Yöntemlerle Belirlenmiş KDE Taşıyıcısı Olanların Sayısı X 100 

ÖZGÜLLÜK = Söz Konusu Yöntemle Belirlenmiş Gerçek KDE Taşıyıcısı Olmayanların Sayısı / Tüm Yöntemlerle Belirlenmiş KDE Taşıyıcısı Olmayanların Sayısı X 100 

BULGULAR

Rektal KDE Kolonizasyonu Olan ve Olmayan Hastaların Değerlendirilmesi

Çalışmamıza her iki YBÜ’de yatmış olan toplam 100 hasta alındı. Hastaların 63 (%63)’ü Reanimasyon YBÜ’de, 37 (%37)’si ise Acil Cerrahi YBÜ’de  yatmaktaydı. Hastaların 39  (%39)’u kadın, 61 (%61)’i erkek olup, yaş ortalaması 58’di. Hastaların YBÜ’de ortalama yatış süresi 17 gündü. Çalışmaya katılan hastaların 46 (%46)’sının rektal sürüntü örneğinde, kullanılan üç yöntemden en az biriyle KDE kolonizasyonu saptandı. Rektal KDE taşıyıcılığı olan 46 hastanın 4 (%8.7)’ü YBÜ’ye yattığı günden itibaren kolonize olarak saptandı. Bu dört hastanın 3’ü dış merkezden YBÜ’lerimize transfer edilmişken, kalan biri hastanemizin bir servisinden YBÜ’ye transfer edilmişti. Geri kalan 42 hastanın ortalama rektal KDE kolonizasyonu gelişme süresi 9.6 gün olup sınırları 2-55 gündü. Çalışma süresince, YBÜ’lerde KDE kolonizasyon basıncı ortalaması %40 olup en düşük %11 ve en yüksek %72 olarak tespit edildi.

Rektal Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Saptama Yöntemlerinin Sonuçları

Tablo 1. Rektal Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Saptama Yöntemlerinin 24. Saatteki Duyarlılık ve Özgüllüklerinin Değerlendirilmesi

Tablo 2. Rektal Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Saptama Yöntemlerinin 48. ve 72. Saatteki Duyarlılık ve Özgüllüklerinin Değerlendirilmesi

Tablo 3. Rektal Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Saptama Yöntemlerinin 24., 48. ve 72. Saatteki Sonuçları

Klasik CDC yöntemiyle, ilk 24 saat sonra TSB buyyondaki bulanıklığın rektal KDE pozitifliği olarak değerlendirilmesi halinde; 46 rektal KDE-pozitif hastanın 36 (%78)’sı pozitif, 54 rektal KDE-negatif hastanın ise 23 (%42)’ü negatif olarak saptandı. Bu testin ilk 24 saatteki duyarlılığı %78, özgüllüğü ise %42 olarak hesaplandı. Testin tüm aşamalarının sonuçlandırıldığı 72. saatte ise duyarlılık %78, özgüllük ise %100’dü (Tablo 1-2-3).

Direkt  MacConkey yöntemiyle, ilk 24 saatte 46 KDE-pozitif hastanın 40 (%87)’ı pozitif, 54 KDE-negatif hastanın 43 (%80)’ü negatif olarak saptandı; testin duyarlılığı %87, özgüllüğü %80’di. Testin tüm aşamalarının sonuçlandırıldığı 48. saatte ise duyarlılık %87, özgüllük ise %100 olarak hesaplandı (Tablo 1-2-3).

ChromID CARBA yönteminde, ilk 24 saatte 46 KDE-pozitif hastanın 42 (%91)’si, 54 KDE-negatif   hastanın ise 53 (%98)’ü negatif olarak saptandı; testin  duyarlılığı %91, özgüllüğü ise %98’di. Testin tamamlandığı 48. saatte duyarlılık %91, özgüllük %100 olarak hesaplandı (Tablo 1-2-3).

Rektal Sürüntü Örneklerinden İzole Edilen Karbapeneme Dirençli Bakteri Suşları

Tablo 4. Rektal Sürüntü Örneklerinden İzole Edilmiş Karbapeneme Dirençli Bakterilerin Dağılımı

Çalışılan rektal örneklerde en sık izole edilen  karbapeneme dirençli bakteriler, 46 hastadan izole edilen  Enterobacteriaceae üyeleri ve 39 hastada saptanan K. pneumoniae idi. Beş hastada E. coli, iki hastada Enterobacter aerogenes, bir hastada ise Citrobacter freundii izole edildi. Dokuz hastanın dışkısında karbapeneme dirençli Gram-negatif nonfermentatif çomaklar saptandı; bunların altısı  P. aeruginosa, üçü ise A. baumannii idi (Tablo 4). 

Üreyen Enterobactericeae Suşlarının Karbapenem MİK Değerleri, CARBA NP Testi ve MHT Sonuçları

Tablo 5. İzole Edilmiş Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Suşlarının MİK Değerleri

İzole edilen suşlarda; temosilin, ertapenem, imipenem ve  meropenem Etest ile MİK değerleri belirlendi. Ayrıca imipenem/EDTA Etest ile MBL varlığı araştırıldı. Tablo 5’te bakterilerin MİK değerlerinin dağılımı verilmiştir. 

KDE taşıyıcılığı saptanmış hastalardan izole edilmiş KDE’lerin 36 (%77)’sında MHT pozitif, 10 (%23)’unda ise negatif sonuç verdi. Söz konusu 46 hastanın 42 (%91.3)’sinin suşlarına ise CARBA NP testi yapıldı; 31 (%74) suşta pozitif, 11 (%26) suşta ise negatif sonuç elde edildi. 

Temosilin MİK değeri sadece bir (%2) suşta <32 g/ml olup 10 suşta imipenem/EDTA ile imipenem MİK değerinde 8 kattan fazla azalma olduğu görüldü. 

Rektal Sürüntüde Üreyen KDE Suşlarının Antibiyogramları 

Tablo 6. Rektal Sürüntü Örneklerinde Üreyen Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Suşlarının Antibiyogram Sonuçları

Rektal sürüntü örneklerinden izole edilmiş 46 KDE suşunun 42’sine disk difüzyon yöntemiyle antimikrobiyal duyarlılık testi yapıldı (Tablo 6).

Üreyen suşların tümü; ampisiline, amoksisilin/klavulanata, sefuroksime, sefoksitine, seftriaksona, sefepime, piperasilin/tazobaktama ve sefoperazon/sulbaktama dirençliydi. Suşların %2’si ampisilin-sulbaktam, seftazidim, meropenem, imipenem ve siprofloksasine; %5’i aztreonama; %7’si nitrofurantoin, kotrimaksazol, ofloksasin ve norfloksasine; %30’u gentamisine; %36’sı netilmisine; %40’ı amikasine; %69’u fosfomisine ve %90’ı kolistine duyarlıydı. 

İRDELEME

Çalışmamızda rektal KDE kolonizasyonunun belirlenmesi amacıyla kullanılan üç yöntemden, en kısa sürede sonuçlanan ve performansı en yüksek olan CromID CARBA idi. Bu yöntemle, örnek alındıktan itibaren ilk 24. saatte rektal KDE varlığı %91 duyarlılık ve %98’lik özgüllükle saptanabildi. Performans ve süre açısından direkt MacConkey yöntemi ikinci sırada yer aldı. Bu yöntemle ilk 24. saatte rektal KDE varlığı %87 duyarlılık, %80 özgüllük ile saptandı. Klasik CDC yönteminin ise ilk 24. saatte, buyyondaki bulanıklığın KDE varlığını gösterdiği düşünülerek yapılan değerlendirmesinde duyarlılığı %78, özgüllüğü ise %42 olarak belirlendi.  İlerleyen saatlerde (48-72 saat) KDE’lerin tanımlanmasında ek yöntemlerin kullanılmasıyla testlerin duyarlılıkları aynı kalmış, ancak özgüllükleri artmıştır. 

Çalışmamızda klasik CDC yönteminin duyarlılığının ve özgüllüğünün düşük olmasının nedeni, hastalarımızda, KDE’ye ek olarak, karbapenemlere, özellikle ertapeneme dirençli diğer bakterilerin [P. aeruginosa, A. baumannii, vankomisin dirençli enterokok (VDR) veya metisilin dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) gibi] de kolonizan olarak bulunması olabilir. Gerçekten de çalışmamızdaki hastaların %18’inin rektal sürüntü örneklerinde bu bakteriler saptandı. Söz konusu bakterilerin ertapenem içeren buyyonda aşırı çoğalması, KDE’lerin üremesinin inhibe olmasına yol açmış olabilir. Rektal sürüntü örneklerinde KDE araştıran bir diğer çalışmada da klasik CDC yönteminin karbapenemaz üreten mikroorganizmaların saptanmasındaki duyarlılığı %40, özgüllüğü ise %88 olarak saptanmış olup yalancı negatif sonuçlanan örneklerin tümünde meropeneme duyarlı P. aeruginosa izole edilmiştir.  Aynı çalışmada, bizim de kullandığımız diğer 2 yöntem için belirlenmiş duyarlılık ve özgüllük değerleri direkt McConkey yöntemi için %80 ve %85, ChromID CARBA yöntemi için ise %100 ve %90’dır; bu sonuçlar bizim çalışmamızla uyumludur (10).  ChromID CARBA yönteminin rektal örneklerde KDE saptanmasında yüksek performans gösterebildiğini bildiren başka çalışmalar da vardır (11, 21, 23). Bu yöntemin duyarlı ve özgül olması yanında, ilk 24. saatte KDE türünü de tanımlayabilmesi bir diğer avantajıdır (11). Ayrıca, kromojenik agarın maliyeti, kullanılan diğer yöntemlerdeki besiyerlerinin maliyetinden yüksek olmakla birlikte, bakterilerin tanımlanması için yapılan ek testlerin maliyetiyle birlikte değerlendirildiğinde ortaya çıkan maliyetlerin birbirine yakın olduğu görülmüştür. Oldukça kolay uygulanabilen bir yöntem olan direkt MacConkey yöntemi, duyarlılığının klasik CDC’den daha iyi olması ve 24. saatte güvenilir sonuç verebilmesi nedeniyle özellikle kaynakların az, iş yükünün fazla olduğu merkezlerde rutin olarak kullanılabilir.

Çalışmamızda KDE taşıyıcılığı belirlenmiş hastalardan izole edilmiş suşlarda karbapenemaz varlığını göstermek amacıyla MHT ve CARBA NP testleri de yapılmıştır. Suşların MHT’de  %77’si, CARBA NP testinde ise %74’ü pozitif olarak belirlenmiş, her iki testin de performansının yetersiz olduğu düşünülmüştür. Daha önce yapılmış çalışmalarda hem MHT’nin, hem de CARBA NP testinin karbapenemaz varlığını saptamada oldukça duyarlı olduğu bildirilmekle birlikte, MHT’nin özellikle New Delhi metallo-ß-laktamaz (NDM) üreten suşlarda, CARBA NP testinin ise OXA-48 üreten suşlarda performanslarının düşük olduğu bilinmektedir (16). Çalışmamızda moleküler yöntemler kullanılmadığı için KDE’lerde hangi tür karbapenemazların bulunduğu bilinmemekle birlikte yine merkezimizde ve aynı YBÜ’lerde bir yıl önce yapılmış bir tez çalışmasında hastalardan izole edilmiş KDE suşlarının çoğunda OXA-48, yaklaşık %10’unda da blaNDM saptanmıştır (13). Bu veriler, çalışmamızda MHT ve CARBA NP testlerinin pozitiflik oranlarının %70’lerde olmasını açıklayabilir. Ancak eldeki suşların moleküler incelemesini yapmadan kesin bir sonuca varmak mümkün değildir.   CARBA NP testiyle ilgili bir diğer konu ise bu testin sonucunun, çalışılacak örneğin üretildiği kültür ortamından etkilenmesidir; CARBA NP testinden en doğru sonuçların alınabilmesi için, kanlı agarda üretilmiş kolonilerin kullanılması önerilmektedir (6). Çalışmamızda, MacConkey agarda üretilmiş suşlarla çalışılması da sonuçları etkilemiş olabilir. Ancak suşların kanlı agarda tekrar üretilmesi de ek maliyet ve zaman kaybına yol açacağı için bu testin rutinde kullanımı bakımından sorun yaratabilir. 

Çalışmamızda, KDE olan suşlarda karbapenemaz türünü tahmin etmede kullanılabilecek fenotipik yöntemlerden, MBL için olan aztreonam duyarlılığı, EDTA ile inhibisyon testi ve OXA-48’ler için olan temosilin direnci testi de yapılmıştır. Aztreonam MBL’lere dirençli, KPC β-laktamazlara ise duyarlı olup (3) bu özelliğiyle MBL varlığını tahmin etmede kullanılabilir. Çalışmamızda izole edilen KDE suşlarının ikisi  (%4.7) aztreonama duyarlıydı. Karbapenemaz türünü tahmin etmede kullanılabilen bir diğer yöntem olan imipenem-EDTA  inhibisyon testiyle, toplam 10 (%20) suşta, imipenem MİK değerlerinde 8 kattan fazla düşme olduğu görülerek, bu suşların MBL üretiyor olabileceği düşünüldü. Hastanemizde daha önceki moleküler çalışmalarda blaNDM varlığı gösterilmiş olduğu için, aztreonam duyarlılığı veya EDTA ile MİK azalması olan suşlarda bu enzimin var olması muhtemeldir (13). Ülkemizdeki diğer hastanelerde de son yıllarda gittikçe artan oranlarda NDM bildirilmesi nedeniyle de bu konu ayrıca önemlidir (16, 17, 13).  Çalışmamızdan izole edilen suşlardan biri hariç tümünde temosilin MİK’in >32 μg/ml olması hem ülkemizde hem de hastanemizde endemik olduğu bilinen OXA-48 türü karbapenemazların varlığıyla uyumludur (18, 16, 17, 13). Moleküler yöntemlerin hem maliyet hem de uygulama zorluğu nedeniyle rutinde kullanılamadığı durumlarda, bu tür basit fenotipik yöntemlerle karbapenemaz türlerinin takip edilebileceği ve gereğinde moleküler yöntemlerin kullanılabileceği düşünüldü. 

Rektal KDE suşlarının duyarlılık özellikleri incelendiğinde, kolistinin halen en duyarlı ajan olduğu ancak suşların %9.6’sının kolistine dirençli olduğu görüldü. Karaçi’de yapılan bir çalışmada kolistine direnç oranı %15.9 olarak (14); Yunanistan’da yapılan bir çalışmada ise kolistine direnç oranları %10.5-20 arasında bildirilmiştir (19, 20). Yunanistan, dünyada en yüksek kolistin direnç oranları bildiren ülkededir (15). KDE’lerdeki kolistin direncinin bu seviyelere çıkması, bu bakterilerle infekte hastaların zaten oldukça sınırlı olan tedavi seçeneklerinin daha da azalması bakımından çok önemlidir ve yakından izlenmelidir.

Çalışmamız, prospektif kohort olarak planlanmış bir çalışma olmasının yanı sıra özellikle kaynakların ve insan gücünün sınırlı olduğu yerler için bir çözüm üretmek amacıyla tasarlanmış olması güçlü yönüdür. İzole edilen KDE suşlarında moleküler yöntemlerle karbapenemaz türlerinin araştırılamamış olması ise çalışmamızın en önemli eksiğidir.

Sonuç olarak, rektal KDE taşıyıcılığının belirlenmesinde ChromID CARBA yönteminin  performansı, klasik CDC ve direkt MacConkey yönteminden daha iyi olmakla birlikte, özellikle kaynak sorunu olan yerlerde direkt MacConkey yönteminin de kullanılabileceği görüldü. Suşlardaki karbapenemaz varlığını göstermek bakımından, CARBA NP testinin, MHT’ye üstünlüğü olmadığı görüldü.  KDE olarak tanımlanmış bakterilerin yaklaşık %20’sinde, aztreonam duyarlılığı veya EDTA inhibisyonu yöntemiyle MBL’lerin olabileceği tahmin edildi. Ülkemizde MBL’lerin gittikçe artan oranlarda bildirilmesi nedeniyle, moleküler yöntemlere ulaşmanın her zaman mümkün olmadığı merkezlerde  KDE’lerde aztreonam duyarlılığı ve  EDTA inhibisyon yönteminin birlikte kullanımıyla bu tür karbapenemazların varlığının tahmin edilebileceği ve gereğinde  moleküler yöntemlerin kullanılabileceği düşünülmüştür.        

Hasta Onamı
Hastalardan bilgilendirilmiş onam formu alınmıştır.

Etik Kurul Kararı
İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulu’ndan 10 Haziran 2016 tarih ve 778 karar numarasıyla onay alındı.

Danışman Değerlendirmesi
Bağımsız dış danışman.

Yazar Katkıları
Fikir/Kavram – S.Ş.Y.; Tasarım – S.Ş.Y., C.Ö.; Denetleme – S.Ş.Y., H.E., C.Ö., H.Ö., A.T.; Malzemeler/Hastalar – S.Ş.Y., C.Ö.; Veri Toplama ve/veya İşleme – S.Ş.Y., C.Ö.; Analiz ve/veya Yorum – S.Ş.Y., H.E., H.Ö., A.T.; Literatür Taraması – S.Ş.Y., C.Ö., S.B.; Makale Yazımı – S.Ş.Y., C.Ö., S.B.; Eleştirel İnceleme – S.Ş.Y., C.Ö., S.B., H.Ö., A.T., H.E.; Diğer – S.Ş.Y., S.B., A.T., H.Ö., H.E.

Çıkar Çatışması
Yazarlar herhangi bir çıkar çatışması bildirmemiştir.

Finansal Destek
Yazarlar finansal destek beyan etmemiştir.

Sunulan Bilimsel Etkinlik
28-31 Mart 2018 tarihinde gerçekleştirilen XIX. Türk Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi’nde bildiri olarak sunulmuştur. 

Tez
Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi, İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı tarafından  2017 yılında uzmanlık tezi olarak kabul edilmiştir.

Referansları Görüntüle

Referanslar

  1. Köseoğlu-Eser O, Altun-Uludağ H, Ergin A, Boral B, Sener B, Hasçelik G. [Carbapenem resistance in ESBL positive Enterobacteriaceae isolates causing invasive infections]. Mikrobiyol Bul. 2014;48(1):59-69. Turkish.
  2. Panagea T, Galani I, Souli M, Adamou P, Antoniadou A, Giamarellou H. Evaluation of CHROMagar™ KPC for the detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in rectal surveillance cultures. Int J Antimicrob Agents. 2011;37(2):124-8. [CrossRef]
  3. Donnenberg MS. Enterobacteriaceae. In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R, eds. Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia: Churchill Livingstone, 2015: 2503-17.
  4. Facility guidance for control of carbapenem resistant Enterobacteriaceae (CRE) November 2015 update-CRE toolkit [İnternet]. Atlanta: Centers for Disease Control and Prevention [erişim 31 Ekim 2017].   https://www.cdc.gov/hai/pdfs/cre/cre-guidance-508.pdf
  5. EUCAST guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical and/or epidemiological importance [İnternet]. Denmark: European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). [erişim 31 Ekim 2017].   http://www.eucast.org/fileadmin/src(…)mechanisms_170711.pdf
  6. Blackburn J, Tsimiklis C, Lavergne V, et al. Carbapenem disks on MacConkey agar in screening methods for detection of carbapenem-resistant Gram-negative rods in stools. J Clin Microbiol. 2013;51(1):331-3. [CrossRef]
  7. Lolans K, Calvert K, Won S, Clark J, Hayden MK. Direct ertapenem disk screening method for identification of KPC-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in surveillance swab specimens. J Clin Microbiol. 2010;48(3):836-41. [CrossRef]
  8. Laboratory protocol for detection of carbapenem-resistant or carbapenemase-producing, Klebsiella spp. and E. coli from rectal swabs [İnternet]. Atlanta: Centers for Disease Control and Prevention [erişim 31 Ekim 2017]. https://www.aab.org/images/aab/pdf/2013/Klebsiella_or_Ecoli_Lab_protocol.pdf 
    https://www.cdc.gov/hai/pdfs/labsettings/klebsiella_or_ecoli.pdf
  9. Yamamoto N, Asada R, Kawahara R, et al. Prevalence of, and risk factors for, carriage of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae among hospitalized patients in Japan. J Hosp Infect. 2017;97(3):212-7. [CrossRef]
  10. Simner PJ, Martin I, Opene B, Tamma PD, Carroll KC, Milstone AM. Evaluation of multiple methods for detection of gastrointestinal colonization of Carbapenem-resistant organisms from rectal swabs. J Clin Microbiol. 2016;54(6):1664-7. [CrossRef]
  11. Papadimitriou-Olivgeris M, Bartzavali C, Christofidou M, et al. Performance of chromID® CARBA medium for carbapenemases-producing Enterobacteriaceae detection during rectal screening. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2014;33(1):35-40. [CrossRef]
  12. Lutgring JD, Limbago BM. The Problem of Carbapenemase-Producing-Carbapenem-Resistant-Enterobacteriaceae Detection. J Clin Microbiol. 2016;54(3):529-34. [CrossRef]
  13. Yir, A. İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesi’nde izole edilen karbapenemlere dirençli Gram-negatif enterik çomaklarda antibiyotik direnç oranları, mekanizmaları ve antibiyotik direnç gelişimine neden olan risk faktörlerinin araştırılması [Uzmanlık Tezi].  İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı; 2016.
  14. Qamar S, Shaheen N, Shakoor S, Farooqi J, Jabeen K, Hasan R. Frequency of colistin and fosfomycin resistance in carbapenem-resistant Enterobacteriaceae from a tertiary care hospital in Karachi. Infect Drug Resist. 2017;10:231-6. [CrossRef]
  15. Ah YM, Kim AJ, Lee JY. Colistin resistance in Klebsiella pneumoniae. Int J Antimicrob Agents. 2014;44(1):8-15. [CrossRef]
  16. Rapid risk assessment: Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae [İnternet]. Stockholm: European Centers for Disease Prevention and Control (ECDC). [erişim 31 Ekim 2017].   https://ecdc.europa.eu/sites/portal/files/media/en/publications/Publications/carbapenem-resistant-enterobacteriaceae-risk-assessment-april-2016.pdf
  17. Haciseyitoglu D, Dokutan A, Abulaila A, et al. The first Enterobacter cloacae co-producing NDM and OXA-48 carbapenemases and interhospital spread of OXA-48 and NDM-producing Klebsiella pneumoniae in Turkey. Clin Lab. 2017;63(7):1213-22. [CrossRef]
  18. Carrër A, Poirel L, Eraksoy H, Cagatay AA, Badur S, Nordmann P. Spread of OXA-48-positive carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae isolates in Istanbul, Turkey. Antimicrob Agents Chemother. 2008;52(8):2950-4. [CrossRef]
  19. Neonakis IK, Samonis G, Messaritakis H, et al. Resistance status and evolution trends of Klebsiella pneumoniae isolates in a university hospital in Greece: ineffectiveness of carbapenems and increasing resistance to colistin. Chemotherapy. 2010;56(6):448-52. [CrossRef]
  20. Kontopidou F, Plachouras D, Papadomichelakis E, et al. Colonization and infection by colistin-resistant Gram-negative bacteria in a cohort of critically ill patients. Clin Microbiol Infect. 2011;17(11):E9-E11. [CrossRef]
  21. Perez LR, Rodrigues D, Dias CG. Evaluation of phenotypic tests to detect carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in colonized patients hospitalized in intensive care units. Braz J Infect Dis. 2015;19(4):436-8. [CrossRef]
  22. Ergönül Ö, Aydin M, Azap A, et al; Turkish Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Healthcare-Related Infections Study Group. Healthcare-associated Gram-negative bloodstream infections: antibiotic resistance and predictors of mortality. J Hosp Infect. 2016;94(4):381-5. [CrossRef]
  23. Josa DF, Bustos G, Torres IC, Esparza S G. [Evaluation of three screening methods for detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in rectal swabs]. Rev Chilena Infectol. 2018;35(3):253-61. Spanish. [CrossRef]     
Cilt 35, Sayı 3 Cilt 35, Sayı 2 Cilt 35, Sayı 1 Cilt 34, Sayı 3 Cilt 34, Sayı 2 Cilt 34, Sayı 1 Cilt 33, Sayı 3 Cilt 33, Sayı 2 Cilt 33, Sayı 1 Cilt 32, Sayı 3 Cilt 32, Özel Sayı 2 Cilt 32, Özel Sayı 1 Cilt 32, Sayı 2 Cilt 32, Sayı 1 Cilt 31, Sayı 3 Cilt 31, Sayı 2 Cilt 31, Özel Sayı 1 Cilt 31, Sayı 1 Cilt 30, Sayı 3 Cilt 30, Sayı 2 Cilt 30, Özel Sayı 1 Cilt 30, Sayı 1 Cilt 29, Sayı 3 Cilt 29, Sayı 2 Cilt 29, Sayı 1 Cilt 28, Özel Sayı 1 Cilt 28, Sayı 3 Cilt 28, Sayı 2 Cilt 28, Sayı 1 Cilt 27, Özel Sayı 1 Cilt 27, Sayı 3 Cilt 27, Sayı 2 Cilt 27, Sayı 1 Cilt 26, Sayı 3 Cilt 26, Özel Sayı 1 Cilt 26, Sayı 2 Cilt 26, Sayı 1 Cilt 25, Sayı 3 Cilt 25, Sayı 2 Cilt 25, Sayı 1 Cilt 24, Sayı 3 Cilt 24, Sayı 2 Cilt 24, Sayı 1 Cilt 23, Sayı 3 Cilt 23, Sayı 2 Cilt 23, Sayı 1 Cilt 22, Sayı 3 Cilt 22, Sayı 2 Cilt 21, Sayı 3 Cilt 22, Sayı 1 Cilt 21, Özel Sayı 2 Cilt 21, Sayı 2 Cilt 21, Özel Sayı 1 Cilt 21, Sayı 1 Cilt 20, Özel Sayı 2 Cilt 20, Sayı 3 Cilt 20, Sayı 2 Cilt 20, Sayı 1 Cilt 20, Özel Sayı 1 Cilt 19, Sayı 3 Cilt 19, Sayı 2 Cilt 19, Sayı 1 Cilt 18, Özel Sayı 1 Cilt 18, Sayı 3 Cilt 18, Sayı 2 Cilt 18, Sayı 1 Cilt 17, Sayı 3 Cilt 17, Sayı 2 Cilt 17, Sayı 1 Cilt 16, Sayı 3 Cilt 16, Sayı 2 Cilt 16, Sayı 1 Cilt 1, Özel Sayı 1 Cilt 15, Sayı 2 Cilt 15, Sayı 3 Cilt 15, Sayı 1 Cilt 14, Sayı 3 Cilt 14, Sayı 2 Cilt 14, Sayı 1 Cilt 13, Sayı 3 Cilt 13, Sayı 2 Cilt 13, Özel Sayı 1 Cilt 13, Sayı 1 Cilt 12, Sayı 3 Cilt 12, Sayı 2 Cilt 12, Sayı 1 Cilt 11, Sayı 3 Cilt 11, Sayı 2 Cilt 11, Özel Sayı 1 Cilt 11, Sayı 1 Cilt 10, Sayı 3 Cilt 10, Sayı 2 Cilt 10, Sayı 1 Cilt 9, Sayı 3 Cilt 9, Sayı 2 Cilt 9, Sayı 1 Cilt 8, Sayı 3 Cilt 8, Sayı 2 Cilt 6, Sayı 3 Cilt 7, Sayı 1 Cilt 7, Sayı 2 Cilt 7, Sayı 3 Cilt 8, Sayı 1 Cilt 5, Sayı 1 Cilt 5, Sayı 2 Cilt 5, Sayı 3 Cilt 6, Sayı 1 Cilt 6, Sayı 2 Cilt 3, Sayı 1 Cilt 3, Sayı 2 Cilt 3, Sayı 3 Cilt 4, Sayı 1 Cilt 4, Sayı 2 Cilt 4, Sayı 3 Cilt 2, Sayı 1 Cilt 2, Sayı 2 Cilt 2, Sayı 3 Cilt 1, Sayı 1 Cilt 1, Sayı 2